Området var tidligere sterkt industrialisert, og tidligere tiders næringsaktivitet har medførte utslipp av forskjellig art, og Store Lungegårdsvann ble sterkt forurenset.
De siste årene er store deler av sjøbunnen i Bergens indre havneområde ryddet, og Store Lungegårdsvann står nå på trappene.
Foreningens plassering i et sentrumsnært område gjør at søkelyset på utslipp er stort. Også båtene i Bergensområdet må pusses og rengjøres.
Godt vedlikehold av båt og motor er grunnlaget for et godt båtliv.
Miljøprøver fra småbåthavner har vist at bunnstoff og andre miljøgifter forurenser både på land og sjøbunnen utenfor. De som driver småbåthavner, har en plikt til å sørge for at aktivitetene i båthavna ikke skader miljøet. I henhold til forurensningsloven er det forbudt å forurense. I ytterste konsekvens kan man bli pålagt mudring av havbunnen i området til småbåthavner.
Småbåthavner er en kilde for flere typer utslipp; klimagasser fra motoren, miljøgifter som kobber- og sinkforbindelser fra bunnstoffet som påføres båtskrogene, og mikroplast fra både tau, maling, glassfiberskrog og bunnstoff.
Bunnstoff er båteieres løsning på begroing av slim, alger, skjell og rur på båtenes skrog. En slik begroing øker vannmotstanden og gjør at drivstofforbruket blir høyere. Bunnstoffet er basert på giftstoffer som kobber og sink som forhindrer marint liv fra å feste seg på skroget.
Det er to hovedtyper av bunnstoff; selvpolerende og hardt. Førstnevnte er mest vanlig på fritidsbåter, og virker ved at lag for lag med giftbasert bunnstoff gradvis skal slipes av i sjøen slik at det kontinuerlig er et aktivt lag med bunnstoff som forhindrer begroing. Hardt bunnstoff skal tåle mer og løses ikke opp i vann, men slipes/skrapes/høytrykk-spyles av før det påføres nytt.
Det finnes ikke lokale tall på utslipp fra bruk av bunnstoff, men nasjonalt er de årlige utslippene beregnet til 56 tonn kobber- og sinkforbindelser og 146 tonn mikroplast. Dels forsvinner dette mens båten er på sjøen, dels slippes det ut i forbindelse med vedlikehold og båtvask på land. Så lenge båtene bruker bunnstoff, vil noe av miljøgiftene også lekke ut i sjøen mens båtene er på vannet. Miljødirektoratet skriver at «Det vil være krevende å regulere utslippene av kobber og sink fra båtene som ligger i sjø, fordi det er utfordrende rent praktisk å få det til. Det beste her vil være om det kan utvikles andre metoder enn å påføre bunnstoff som lekker ut miljøskadelige stoffer for å fjerne begroingen på båtskrogene.»
Det er i realiteten to måter å løse problemet med bunnstoff på. Enten må det utvikles miljøvennlige alternativer til giftbaserte bunnstoff, ellers ta bunnstoffet ut av ligningen og problemet med begroing løses ved jevnlig vasking av båtene.
Bunnstoff er altså et miljøproblem både når båten vedlikeholdes på land og når den er på vannet. Signaler fra miljømyndighetene tilsier at et helt- eller delvis forbud mot bruk av bunnstoff kan komme i fremtiden.
Neptun Båtforening tok tidlig ansvar for å gjøre båtpussen på en miljøvennlig måte, og har som en av få havner i Norge installert et renseanlegg som fanger opp utslippene fra land. Alt i 2012 nedsatte styret en gruppe som gikk gjennom hvilke muligheter man hadde for å redusere utslipp ved båtpuss, og undersøke tilgjengelig utstyr i markedet. Både renseanlegg, og seinere båtvaskemaskiner for bunnstoff-frie båter ble vurdert.
Foreningen landet på å anskaffe et renseanlegg av merket IFAB. Dette består i hovedsak av et filtersystem som fjerner mikroplast, tungmetaller og andre skadelige partikler. All reingjøring foregår på en egen spyleplate. Alle båter spyles ved oppsett for vinteropplag, og ingen båter slipper resten av året på land for spyling og vårpuss/ bunnstoffing uten at spylevannet går gjennom renseanlegget.
Spyleplassen har oppsamlingsanordning/sandfang for grovpartikler. Spylevannet pumpes så inn i en tank med tre kammer. Her tilsettes en koagulant for å felle ut større partikler og binde de mindre partiklene slik at de lettere fanges opp i filtrene. Når utfellingen har pågått i de tre kamrene, pumpes vannet gjennom filtersystemet som består av ett grovfilter for de største gjenværende partiklene, to kullfilter og to ionefilter. Prøver tatt i regi av Bergen kommune av vannet som slippes ut etter filtreringen, viser at rensingen for tungmetaller som f. eks sink og kobber er tilnærmet 100 %
Totalkostnaden for anlegget endte på kr. 600.000, som tilsvarer en investeringskostnad på ca. kr. 2500 pr båtplass
Selve anlegget kostet kr 360.000. I tillegg kom materiell og diversekostnader til elektriker- og rørarbeid, kr 40.000. Selve arbeidet ble i hovedsak utført på dugnad av medlemmer
Spyleplaten ble laget i forbindelse med legging av nytt betongdekke på en av kaiene.
Årlige driftskostnader ligger på kr 25.000 i filtre, og 10-15000 for deponering av spesialavfall.
Driftskostnad pr vask ligger rundt kr. 100.
På tross av kostnadene, er medlemmene meget positive til renseanlegget.
Det gir en betydelig miljøgevinst i Neptuns havneområde, og har høstet positiv omtale fra flere hold.